如果劳动合同中的工种填写错误，可以采取以下步骤进行处理：
与公司人事部沟通
首先，应该立即联系公司的人事部门，说明情况并要求重新签订合同。特别是对于从事特殊工种的劳动者，必须更正信息，否则可能会影响退休等权益。
到劳动局备案
重新签订的劳动合同需要到当地劳动局进行备案，以确保合同的有效性和合法性。
查找并更正个人档案
如果已经退休发现工种不对，应首先到原单位的人事部门提出诉求，协助人事工作人员查找个人档案中的招入工表等证明材料。退休时一般以档案为准。
如果单位管理问题导致档案不准确，可以申请到当地劳动局查档，劳动局会出具具有法律效力的证明信，持此证明可按证明的工种办理退休。
提供证据资料
准备所有相关的证据资料，包括工作记录、工资单、同事证明等，以证明实际工种与档案记载不符。
寻求专业法律帮助
可以咨询专业律师，了解详细的修改流程和所需材料，以确保修改过程顺利。
协商解决
可以尝试与单位协商，由单位补办员工档案或赔偿相关损失。如果协商不成，可以通过法律途径解决，如提起民事诉讼，要求单位恢复原状或赔偿损失。
法律途径
如果协商和法律途径都无法解决问题，可以向当地人事管理部门或劳动监察部门投诉，或者直接向法院提起诉讼，要求单位承担相应的法律责任。
建议：
尽早与公司人事部门沟通，尽快更正错误，避免影响退休等权益。
如果涉及特殊工种，务必重视档案的准确性和合法性，及时采取措施更正。
在处理过程中，保持与专业律师的沟通，确保按照法律程序办理。