商业用房搬迁的补偿标准主要依据《国有土地上房屋征收与补偿条例》第十七条，具体包括以下几个方面：
房屋价值的补偿
以相关房产证明登记的建筑面积计算标准，拆迁人和被拆迁人可以共同委托评估公司确定房屋、建筑物的实际价值。
若房屋和土地分开补偿，则土地按商业用途补偿，房屋及其附属物按重置成新价补偿。
若房地合一补偿，则按照商业房地产市场价值（评估确定）进行补偿。
搬迁费用的补偿
包括搬迁前期费用、搬迁过程中发生的停工费用、机器设备调试修复费用以及物资的拆卸、包装和运输、解聘员工补偿费等。
拆迁人还应给予搬迁补助。
临时安置的补偿
市、县级人民政府应当制定补助和奖励办法，对被征收人给予搬迁和临时安置的补偿。
停产停业损失的补偿
对因征收房屋造成的停产停业损失，根据房屋被征收前的效益、停产停业期限等因素确定。
停产停业期限的确定：选择货币补偿的按6个月计算；选择产权调换的，停产停业期限自被征收人实际搬迁之日起至产权调换房屋通知交付之日止。
其他补偿
对因征收房屋造成的其他经济损失（如商业补偿、人员流失、无法进行生产等），需要进行适当的经济补偿。
若拆迁导致员工解聘，根据具体与员工签订的劳动合同和劳动法规定，应给予相应的安置补偿费用。
奖励性补偿
根据本地实际情况，市、县级人民政府可以给予一定的奖励性补偿费。
在进行商业用房搬迁补偿时，拆迁方需要通过透明、公正的手段做到合理补偿，最终实现公平、公正、合理的结果。被拆迁人可以选择货币补偿，也可以选择房屋产权调换，具体补偿方式需根据当地政策和实际情况协商确定。